iEdit　　（Win専用）　HP
アイデアプロセッサの一種です。箇条書きで文書をメモし、後で、整列させたり、矢印などを使って、図にしたりして、考えをまとめるのに便利です。
マインドマップ的な操作もでき、後述のFreeMindほどの機能がいらなければ、これで、十分です。
この分野のソフトでは、今のところ、一番、気に入っています。
Linuxでも使えると良いのですが、現在、Silverlight版を開発中のようなので期待できるかもしれません。

eMemoPad　（Win）　HP
iEditを使っていなかったら、こちらを使っていたかもしれません。
機能的に、両者は良く似ていると思います。

Tomboy　　（Linux, Win） 本家HP　Win HP
便利なメモソフトです。
詳細は、こちらが詳しいです。

Windowsで利用するには、.net fremework2.0と、gtkのSDKの方（本来なら、runtimeの方で良いはずだが、インストールできない）が必要です。

使ってみた感想は、Ver0.13の段階では、iEditの方が便利でした。
これは、ソフトに求めるものの違いがありますから、誰でも、iEditの方が良いわけではありません。Tomboyは、説明書など読まなくても使い始めることができますが、iEditは、説明書を読まなければ使うことができません。
メモとしてなら、Tomboyの方が良いと思います。

Miki Memo　　　（Java製）　HP
使い始めていますので、感想は、後ほど。

Java製のため、WindowsでもLinuxでも動作するのではないかと思います。現在、Windowsで使ってみています。
第一印象では、Tomboyより、こちらの方が好みです。
操作が、最初に操作を選択してから対象を選ぶ形式に違和感（古さ？）を感じますが、慣れの問題でしょう。

FreeMind　(Java製)　HP
マインドマッピングのソフト。
マインドマッピングが目的なら、このソフトが良いと思います。
使い方などは、こちらが詳しいです。