Javadocの登録
Javadocで日本語の説明を表示するには、設定が必要です。

1. サイトから、jdk-6-doc-ja.zipをダウンロードする。
2. NetBeansのメニュー　「ツール」->「Javaプラットフォーム」のダイアログから、「Javadoc」タブをクリックし、先のファイルを追加します。

文字コードの設定（PHP）

PHPのデバッグ時に局所変数に日本語あると文字化けしてしまいます。どうしたらよいですか?

PHP や Ruby などのインタプリタを使う場合、その実行環境は OS の実行環境を引き継ぎます。そのため NetBeans プロジェクトで指定しているエンコーディングと OS で使用するエンコーディングが合わない場合文字化けなどの問題が発生する場合があります。

Windows で Shift_JIS ではなく UTF-8 などを使いたい場合はこのオプションを使います。
-J-Dfile.encoding=UTF-8

{nb-install}/etc/netbeans.confファイルの、netbeans_default_options行の最後に、加えると良いです。
例：
netbeans_default_options="-J-client -J-Xverify:none -J-Xss2m -J-Xms32m -J-XX:PermSize=32m -J-XX:MaxPermSize=200m -J-Dapple.laf.useScreenMenuBar=true -J-Dsun.java2d.noddraw=true -J-Dfile.encoding=UTF-8"

文字コードの設定２
デフォルトのフォント設定では、”。”や”、”などが、文字の中心に表示されてしまうため変更します。
「ツール」->「オプション」
「フォントと色」タブを選び、カテゴリで、「デフォルト」を選択。MSゴシックなどを設定します。

PHPの日本語マニュアルの参照
CTRL+Shift+Spaceで、オンラインマニュアルを見ることができますが、デフォルトでは英語ページに案内されます。
これを、日本に変更してみました。
参考ページでは、UNIXコマンドを使っていますが、私は、秀丸を使いました。

C:\Program Files\NetBeans 6.8\php1\NetBeansSuite.php を秀丸で開き、「grepして置換」を選びました。「http://php.net/manual/en」を検索し、これを、「http://php.net/manual/ja」に置換するように設定。対象ファイルを「*.php」とし、サブフォルダを対象に加えました。
実行すると、ファイルが修正され、目的を達成しました。

JDKをバージョンアップしたとき
{nb-install}/etc/netbeans.confファイルのフォルダ設定を変更します。
他の方法もありそうですが、分かりません。