ダウンロードしたATOK X3 for Linuxのファイルを展開します。

$cd /tmp/atokx3
$tar xzf atokx3.tar.gz

/usr/lib/gtk-2.0/2.10.0/immodule-files.d/iiim-gtk2.0.immodules
ファイルを作成し、以下を記述する。（名前は任意）

"/usr/lib/gtk-2.0/immodules/im-iiim.so"
"iiim" "Internet/Intranet Input Method" "iiimgcf" "/usr/share/locale" "ja"

rootユーザーでログインします。
次のコマンドを実行して、ATOK X3 for Linuxをインストールします。

#cd /tmp/atokx3/ATOKX3
#sh ./setupatok_deb.sh

gtk.immodulesの場所を聞かれたら、上記のファイル、ここでは、/usr/lib/gtk-2.0/2.10.0/immodule-files.d/iiim-gtk2.0.immodules　を指定する。

アップデートモジュールをインストールする。
$ cd /tmp/atokx3
$ tar xzf atokx3up2.tar.gz

rootユーザーでログインします。
次のコマンドを実行します。
# cd /tmp/atokx3/atokx3up2
# ./setupatok_up2_deb.sh

ATOK X3 for Linuxの起動設定を行うため、次のスクリプトを実行します。

# /opt/atokx3/sample/setting_debian4.sh

参考

Ctrl+Spaceでの起動を無効にするには、ツールをインストールし、ツールで設定します。
起動キーの変更ができます。

方法１　iiim-properties を使う。
　2009/3/13日現在、~/.gconf/desktop/input_methods/%gconf.xml　ファイルが大きくなっていく不具合があります。これを防止するために、手続きが必要です。

$sudo dpkg -i bin/deb/IIIMF/iiimf-properties_trunk_r3104-js1_i386.deb

次のコマンドで、設定を変更できます。
$iiim-properties

また、このツールをインストールすることにより、Atokのプロパティを開くことができるようになるようです。

~/.gconf/desktop/input_methods/%gconf.xml　ファイルを作成させないようにします。
$ rm ~/.gconf/desktop/input_methods/%gconf.xml
$ chmod -w ~/.gconf/desktop/input_methods/

root 権限でシステム設定ファイル /etc/iiim/client.xml を編集します。

日本語入力 ON/OFF のキーを変更するには，
<entry props="trigger keys">Zenkaku_Hankaku</entry>

ステータス表示を消すには，
<entry props="status enabled">False</entry>