アプリケーションに、エクスプローラなどから、ファイルをドロップする場合、Windowsとubuntu(Linux)では、処理が異なります。

new DropTarget(mainPanel, new MyDropTargetAdapter());
...

private class MyDropTargetAdapter extends DropTargetAdapter {
 public void drop(DropTargetDropEvent e) {
 try {
  Transferable transfer = e.getTransferable();
  if (transfer.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor)) {
  // Windows
  e.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
  java.util.List fileList =
       (java.util.List) (transfer.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor));
  if (fileList.size() > 0) {
   File currentFile = (File) fileList.get(0);
   if (currentFile.isFile()) {
   ....
   }
  }
  }else if(transfer.isDataFlavorSupported(DataFlavor.stringFlavor)){
  // Linux
  if(e.isLocalTransfer() ){
  }else{
   e.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
   String str = (String) transfer.getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
   String lineSep = System.getProperty("line.separator");
   String[] fileList = str.split(lineSep);
   if(fileList.length > 0){
   URI fileURI = new URI(fileList[0].replaceAll("[\r\n]", ""));
   File currentFile = new File(fileURI);
   if (currentFile.isFile()) {
    ...
   }
   }
  }
  }
 } catch (Exception ex) {
  ex.printStackTrace();
 }
 }
}

Windowsでは、ファイルリストとして渡されますが、ubuntuでは、文字列として渡されます。