基本的に、ジャストシステムのQ&Aにある 9.04用の方法で行います。

ログイン時に、セッションでxtermを選んで、ログインします。

ダウンロードしたATOK X3 for Linuxのファイルを展開します。
$ cd /tmp/atokx3
$ tar xzf atokx3.tar.gz

rootユーザーになります。
$ sudo -s

# export LANG=C
# touch /etc/gtk-2.0/gtk.immodules

# cd /tmp/atokx3/ATOKX3
# bash ./setupatok_deb.sh
# exit

アップデートモジュールを導入します。
$ tar xzf ./atokx3up2.tar.gz
$ cd /tmp/atokx3/atokx3up2
$ sudo bash ./setupatok_up2_deb.sh

ATOK X3 for Linux Ubuntu 9.04(GTK+ 2.16)対応モジュールを導入します。
$ sudo tar xzf /tmp/atokx3/atokx3gtk216.tar.gz

起動設定を行います。
$ sudo bash /opt/atokx3/sample/setting_debian4.sh

参考
Ctrl+Spaceでの起動を無効にするには、ツールをインストールし、ツールで設定します。
起動キーの変更ができます。

$sudo dpkg -i bin/deb/IIIMF/iiimf-properties_trunk_r3104-js1_i386.deb

　2009/3/13日現在、~/.gconf/desktop/input_methods/%gconf.xml　ファイルが大きくなっていく不具合があります。これを防止するために、手続きが必要です。

~/.gconf/desktop/input_methods/%gconf.xml　ファイルを作成させないようにします。
$ rm ~/.gconf/desktop/input_methods/%gconf.xml
$ chmod -w ~/.gconf/desktop/input_methods/

root 権限でシステム設定ファイル /etc/iiim/client.xml を編集します。

日本語入力 ON/OFF のキーを変更するには，
<entry props="trigger keys">Alt_R</entry>
この設定では、右Altで、日本語の入力を切り替えることができます。

ステータス表示を消すには，
<entry props="status enabled">False</entry>